为了保障医疗事故技术鉴定的科学公正性，《医疗事故处理条例》将医疗事故技术鉴定的组织工作交由社会团体组织——医学会来进行。

医学会是一个医学的学术组织，是一个社会中介组织，汇集方方面面医学专家的组织，这样将医疗事故技术鉴定交由第三方完成，脱离了原先医疗事故技术鉴定浓重的行政色彩。

目前我国医学会有三级，其在医疗事故技术鉴定中的具体分工为：市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县（市）地方医学会。

负责组织首次医疗事故技术鉴定工作；省、自治区、直辖市地方医学会负责组织再次鉴定工作；中华医学会可以组织疑难、复杂并在全国有重大影响的医疗事故争议的技术鉴定工作。实际操作中，中华医学会组织鉴定的案例很少，通常都是由两级地方医学会进行鉴定。有时医患双方经过协商一致，也可以直接向省、自治区、直辖市地方医学会申请进行首次医疗事故技术鉴定。