为了非法牟利，没有经过某村村民委员会同意，被告人余某将村内的三棵香樟树、九棵广玉兰出售，私自联系了买主周某，周某将这几颗树木移走从中非法获利45，000元。

后村委会发现树木失踪随即报案，行为人余某被抓获，查明其中三棵香樟树、五棵广玉兰合计价值38，000元。余某向被害单位退还了非法所得45，000元，并如实交待了犯罪事实。律师

公诉机关以盗窃罪提起公诉，提交了以下证据：证人陈某、王某、周某、杨某、姚某、朱某、刘某、池某证言及相关辨认笔录，某村村民委员会出具的证明，农业银行卡明细对账单，机动车辆出入登记表，价格认证中心出具的价格鉴定结论书等证据。

余某以牟利为目的，秘密窃取村委会的财物，数额较大，其行为已经构成了盗窃罪。但是余某被抓获后，如实供述可以从轻处罚，其家属退赔了出售树木的赃款，有悔罪表现，可酌情从轻处罚。综合余某的犯罪事实，根据刑法第264条关于盗窃罪的规定，判处余某犯盗窃罪，判处有期徒刑一年六个月，缓刑二年，并处罚金一万三千元。